In naher Zukunft wird die Welt von genetisch manipulierten Monstern sogenannten "Variants" bedroht. Überall in Tokyo sind Portale aufgetaucht, von denen die Wesen aus dem Abgrund in unsere Welt einfallen.

Um das Phänomen auf den Grund zu gehen und die Menscheit zu retten, hat die Regierung die "Xth Squad" beauftragt, eine Spezial-Einheit, welche ihrerseits genetisch modifizierte Teenager in den Kampf schickt.Zehn verschiedene sogenannte "Blood Codes" stehen bei der Charakter-Erstellung zu Verfügung, mit denen ihr eure sechs köpfige Party erschaffen könnt.

Diese Xth Squad Mitglieder variieren in ihrem Aussehen, Klasse, Persönlichkeit und moralischen Werten. Während ihr euch weiter in den Abgrund wagt, Fallen ausweicht und euch gegen die Unterwelter wehrt, taucht ihr weiter in das postapokalyptische Setting ein, das mit einer Mischung aus SciFi, Cyberpunk und Übernatürlichen aufwartet.