Nachdem die Firma das Spiel „Turrican 2“ entwickelt und "Turrican" auch auf dem Mega Drive und dem SNES etabliert hatte, startete man eine enge Zusammenarbeit mit Lucas Arts. Das erste Ergebnis dieser Kooperation war "Indiana Jones – Greatest Adventures", das 1994 für das SNES herauskam. Es folgte eine lange Zeit, in der Factor 5 jede Menge Spiele für ihren Partner entwickelte, darunter zum Beispiel die Spiele der "Rogue Squadron"-Reihe auf dem N64, die auch heute noch durch ihre unglaubliche Qualität überzeugen.

Als die Entwicklung für das Spiel "Star Wars Rebel Assault II" abgeschlossen war – es erschien auf der Playstation – stellte sich heraus, dass man in Köln zu weit von Lucas Arts entfernt war, um weiterhin vernünftig für den Kooperationspartner arbeiten zu können. Daher zog Factor 5 um, und zwar nach San Rafael in Kalifornien, wo bis vor kurzem das Zentrum aller LucasArts-Aktivitäten war. Nach diesem Umzug entwickelte man weiter fleißig Games für den Spielezweig von LucasFilms und zwar hauptsächlich für die Star-Wars- und Indiana-Jones-Franchises. Darunter befinden sich auch "Star Wars Rogue Squadron II" (2001) und "Rebel Strike" (2003) für den GameCube. Diese beiden Titel werden noch heute zu den besten Spielen für die Nintendo-Konsole gezählt.

Zur gleichen Zeit entwickelte die Technologie-Abteilung der Firma das Programm MusyX und einen DivX-Codec für Spielkonsolen. MusyX verschaffte den Nintendo-Konsolen die Möglichkeit, hochqualitativen Surround Sound zu erzeugen, während der DivX-Codec sehr gute Video-Wiedergabe-Möglichkeiten für den GameCube und die XBox brachte.