Alice wurde trotz positiver Kritik für EA ein kommerzieller Flop. Schon bald verließ McGee Electronic Arts und gründete seine eigene Firma, Carbon 6, wo er bis heute Präsident ist. Ein anderes Unternehmen, The Mauretania Import Export Company, dient als Muttergesellschaft für diverse Projekte wie American McGee’s Oz und American McGee’s Grimm, die American gemeinsam mit seinem Partner Anthony Jacobson plant. Beide Spiele werden unter dem Label Twisted Legends, unter dem auch Alice erschien, veröffentlicht. Seine ursprüngliche Firma Rogue Entertainment wurde von EA 2003 geschlossen.

Parallel zu seinen eigenen Unternehmen arbeitete McGee auch noch bei der Firma Enlight. Diese brachte 2004 Scrapland heraus, ein Adventure, das einmal mehr neue Maßstäbe setzten konnte. Leider wurde auch dieses Spiel ein kommerzieller Flop.

Sein bislang letztes Spiel war im Jahre 2006 - wieder für Enlight - Bad Day L.A., das diverse Katastrophenszenarien gehörig auf die Schippe nahm.