2006 wurden die Lionhead-Studios von Microsoft aufgekauft, was der "Löwenkopf" allerdings sehr positiv sieht. Denn die Zusammenarbeit mit dem Software-Giganten ermöglicht der Firma vieles, was zuvor nicht realisierbar gewesen wäre.

Im März dieses Jahres erhielt Molyneux von der französischen Regierung den Titel "Chevalier de l’Ordre des Arts et des Lettres", den Orden der Künste und der Literatur. Und im Juli verlieh man ihm die Ehrendoktorwürde, Doktor der Wissenschaften, an der University of Southampton.

In der letzten Zeit wurde Molyneux immer wieder vorgeworfen, dass er bei seinen Spielen im Vorfeld Dinge versprach, die am Ende gar nicht enthalten waren. Er begründet dies auch damit, dass sich seine Rolle bei Lionhead geändert hat. Er ist jetzt weniger Designer und Programmierer als vielmehr Publizist und Exekutivproduzent.