Ebenfalls im Jahre 1992 gibt es auch eine Fortsetzung auf dem Gameboy in der Form von Super Mario Land 2: 6 Golden Coins, in der zum ersten Mal Marios böses Ebenbild Wario eingeführt wird. Wario hat Marios Schloss übernommen und die Tür mit 6 magischen Münzen versperrt, die es wiederzufinden gilt. Nachdem Wario vertrieben wurde, bekam er eine eigene Serie namens Wario Land, die sich über die verschiedenen Variationen des Gameboys erstreckt und auch auf dem Gamecube bald ihren Einstand feiert.

1995 findet Super Mario World eine Fortsetzung in Super Mario World 2: Yoshi’s Island, das allerdings weniger den Klempner als Star hat, sondern Yoshi, der eine Baby-Variante von Mario auf seinem Rücken trägt. Irrtümlicherweise hat ein Storch Baby-Mario verloren und Baby-Luigi wurde von Bowsers Schergen entführt. Also geht es auf die Suche nach dem verlorenen Bruder, wobei Yoshi von all seinen Fähigkeiten wie dem Verspeisen der Gegner und Werfen von Eiern Gebrauch machen muß.

1996 gab es für Mario einen Ausflug in die Rollenspielwelt, als Square den Titel Super Mario RPG: Legend of the 7 Stars veröffentlichte, der es leider nicht nach Europa geschafft hat. Bowser hat wieder einmal Peach entführt, doch dieses Mal nimmt die Story bereits am Anfang eine drastische Wendung, als Bowsers Schloss attackiert wird und der Schlossherr rausgeworfen wird. Nun müssen alle zusammen arbeiten, um gegen Smithy – ein böses Riesenschwert – bestehen zu können. Das Spiel zeigte sich in einer isometrischen Ansicht und zeigte Grafiken, welche die gesamte Kraft des SNES ausnutzten.