Im Juli 2001 erschien Final Fantasy X, parallel zu Final Fantasy: The Spirits Within. Letzteres war ein vollständig computeranimierter Kinofilm, von dem sich Square viel versprach. Doch der Film floppte und spielte seine Kosten noch nicht mal ansatzweise ein. Grund für den Flop war sicherlich, dass der Plot Durchschnittskinogänger, die sich mit japanischen Mentalität nicht auskannten, verwirrte und langweilte. Es wird vermutet, dass dieser Flop letzten Endes zur Fusion zwischen Square und Enix führte.

Im März 2002 erschien mit Kingdom Hearts ein ungewöhnliches Spiel. Ungewöhnlich deshalb, weil Square für dieses Spiel eine Kooperation mit Disney eingegangen war, was dazu führte, dass man neben diversen Square-Helden auch auf Disney-Figuren traf und diese spielen konnte.

Kingdom Hearts wurde ein Megaerfolg und war zugleich der Beginn eines neuen Franchise. Am 16. Mai 2002 kam in Japan Final Fantasy XI heraus. Es war Squares erstes pures Online-Projekt.