Am 1.April 2003 kam es zur Übernahme von Square durch Enix. Trotzdem übernahmen im Laufe der Zeit viele der führenden Köpfe von Square auch Führungspositionen in der neuen Firma. Im Juli desselben Jahres zog SquareEnix um. Ihr neues Hauptquartier lag jetzt in Yoyogi, Shibuya-ku, Tokyo. Anfang dieses Jahres registrierte die US-Abteilung der Firma den Namen Dragon Quest, wodurch der Name Dragon Warrior in Rente geschickt wurde. Dragon Warrior war der US-Name des Dragon Quest Franchise, was aufgrund eines Trademark-Konfliktes mit der inzwischen verschwunden Firma TSR Inc. notwendig war.

Im März 2004 kaufte die Firma UIEvolution Inc., um sich auf dem kabellosen Markt zu verstärken. Gleichzeitig erschien Dragon Quest VIII auf der Playstation 2. Ein paar Monate später wurde verkündigt, dass man von Sony Online Entertainment die japanischen Veröffentlichungsrechte für Everquest II erhalten hatte. Zudem wurde Final Fantasy XI weltweit herausgebracht. Im selben Jahr kam mit Kingdom Hearts: Chain of Memories seit langer Zeit wieder ein Square-Rollenspiel für eine Nintendo-Konsole heraus. Es erschien auf dem Game Boy Advance.