Im April 2006 wurde Final Fantasy XI auf die Xbox 360 portiert. Dieses Online-RPG war zugleich auch das allererste Final Fantasy-Projekt überhaupt für eine Microsoft-Konsole. Im Dezember 2005 erschien Kingdom Hearts II.

Außerdem erschien in diesem Jahr mit Final Fantasy Advent Children eine weitere Verfilmung. Der Film spielt zeitlich nach Final Fantasy VII und führt die Story logisch fort. Der Film wurde im Laufe des Jahres weltweit auf DVD herausgebracht und mutierte - im Gegensatz zu seinem Vorgänger - zum Bestseller. Gleichzeitig war er ein Merchandise-Artikel, der den Erfolg von Final Fantasy VII noch weiter ausschlachtete. Im März 2007 erschien mit Final Fantasy XII das letzte Spiel der Reihe für die in die Jahre gekommene PS2.

Zusätzlich zu den Videospielen bringt SquareEnix auch Mangas heraus, wenn auch nur auf dem japanischen Markt. Zu den Mangas, die der Verlag publiziert, gehören Titel wie Full Metal Alchemist oder Spiral, aber auch Adaptionen von SquareEnix-Spielen wie Kingdom Hearts oder Dragon Quest.