Im Jahre 2010 sind Nuklearwaffen wieder voll im Trend, der angekündigte Frieden aus Teil 2 bleibt aus. Auf Shadow Moses Island werden Tests gestartet, bei denen es auch um eine neue Superwaffe geht. Diverse Politiker nehmen als Zuschauer daran teil, als die gesamte Insel von einer Terroristengruppe – bestehend aus Ex-Fox Hound-Mitgliedern – übernommen wird. Ihre Forderungen weichen von der üblichen Weltherrschaft jedoch ab: sie wollen die Überreste von Big Boss haben oder ein Atomsprengkopf wird gestartet. Abermals wird Solid Snake ausgesandt, um die Basis zu infiltrieren, die Geiseln zu befreien und die Terroristen zu stoppen.
 Snake findet auf seinem Weg heraus, daß der Anführer der Terroristen Liquid Snake heißt und ihm selbst wie aus dem Gesicht geschnitten ist. Um ihn herum haben sich diverse Fox Hound-Agenten wie Revolver Ocelot und Sniper Wolf versammelt, die jeder über verschiedene Eigenschaften verfügen. Er efährt weiterhin, daß Liquids Armee aus Genom-Soldaten, die genetisch verbessert wurden, besteht und daß die Test sich um ein neues Model von Metal Gear drehten. Nachdem Snake sich ein weiteres Mal Metal Gear gestellt hat, enthüllt Liquid ihm das furchtbare Geheimnis ihrer Abstammung. Beide sind genetisch perfektionierte Kinder eines Projektes namens „Les enfants terrible“, die nur zum Kampf erzeugt wurden und stammen von den Zellen von Big Boss ab. Aus dem Kampf mit Liquid geht Snake natürlich als Sieger hervor. Am Ende hört man eine Übertragung zwischen Revolver Ocelot und dem Präsidenten der Vereinigten Staaten, aus der hervorgeht, daß auch der Präsident ein Kind dieses Projektes ist. Man darf gespannt sein....
Da dieser Teil ziemlich kurz ausfiel, wurde ein Jahr später eine Zusatzdisk namens „Metal Gear Solid: VR Missions“ nachgereicht. Dieses Add-On bot den Spielern hunderte von Missionen, die dem Virtual Reality-Training des Originalspiels nachempfunden waren und viele verschiedene Missionsziele hatten. In der später erschienenen PC-Version war dieser Zusatz ebenfalls integriert.
2000 erschien ein Teil für den Gameboy: Metal Gear: Ghost Babel, der außerhalb Japans aus Marketinggründen allerdings auch Metal Gear Solid genannt wurde. Durch die technischen Einschränkungen des Gameboys erinnerte dieser Teil wieder stark an die erste Episode vom NES.
Die Geschichte spielt 7 Jahre nach dem Outer Heaven-Vorfall. Ein Frachtflugzeug voller Nuklearwaffen wird von Terroristen entführt. An Bord befindet sich ebenfalls ein neuer Metal Gear. Die Terroristen gehören der Gindranischen Befreiungsfront an und wollen mit Metal Gear ihre Unabhängigkeit von den Staaten erzwingen. Solid Snake wieder geschickt, um die Terroristen aufzuhalten, die Hauptquartier ausgerechnet auf dem alten Outer Heaven-Gelände aufgebaut haben. Während Snake wieder einmal die 100 Ebenen von Outer Heaven infiltriert, bekämpft eine Foxhound-ähnliche Gruppe namens Black Chamber. Am Ende besiegt er deren Anführer Black Arts Viper und die neueste Version von Metal Gear.
2002 erscheint nun Metal Gear Solid 2: Sons of Liberty.
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