1997 verließ Peter Molyneux Bullfrog, um "Lionhead Productions" zu gründen. Das war ein schwerer Schlag für die Firma, war er doch Bullfrogs kreative Kraft. Molyneux behauptete später, dass durch seinen Weggang neue kreative Talente ihre Chance bekommen sollten.

Die Spiele, die daraufhin erschienen, waren auf dem ersten Blick alles andere als innovativ, weil es sich „nur“ um Fortsetzungen bekannter Spiele handelte. Doch Popolous: The Beginning und Dungeon Keeper 2 konnten das Qualiätslevel halten und reizten die damalige Computertechnologie bis zum Anschlag aus.

Im September 1999 zog sich auch das letzte Gründungsmitglied zurück. Les Edgar wurde zum Berater für Bullfrog Productions Limited und überließ die Führung nun Bruce McMillan, der zuvor bei EA Canada durch die Entwicklung der FIFA Fussball Serie für Aufsehen sorgte.
2003 kam das vorläufige Ende. Bullfrog wurde zu einem Teil von EA London. Damit ereilete die Firma das gleiche Schicksal wie viele andere europäischen Entwicklern, die von EA aufgekauft wurden.