Das Spiel dreht sich um eine neue Geschichte, die sich über das ganze Marvel-Universum erstreckt und vom klassischen Abenteuersinn und Humor der LEGO-Videospiele erfüllt ist. Die Spieler schlüpfen in die Rollen ihrer liebsten Marvel-Superhelden, während sie zusammenarbeiten, um eine Gruppe von Bösewichten aufzuhalten, die es sich zum Ziel gesetzt haben, die Welt zu zerstören. Ob man sich den Weg freischlägt, über Hindernisse hinwegschwingt oder sich in die Lüfte erhebt: Spieler können auf all diesen Wegen ikonische Schauplätze des Marvel-Universums wie den Stark Tower, die X-Mansion, Asteroid M und Asgard besuchen.

Spieler können zudem mehr als 100 spielbare Charaktere des Marvel-Universums freischalten, einschließlich Fanlieblingen wie Black Widow, Loki, Spider-Man, Nick Fury, Iron Man, Wolverine, Captain America, Hulk, Thor, Hawkeye, Deadpool und Galactus!

LEGO Marvel Super Heroes für Nintendo Switch enthält außerdem die folgenden DLC-Pakete, die bereits veröffentlicht worden sind:
- Inkl. LEGO Marvel Super Heroes Super-Pack DLC: Steinzertrümmernde Action mit mehr Superhelden und Superschurken, neuen Fahrzeugen und Rennen. Fanfavoriten wie Dark Phoenix, Winter Soldier, Symbiont Spider-Man, Hawkeye, Falcon und Beta Ray Bill sind verfügbar.
- Inkl. LEGO Marvel Super Heroes Asgard-Pack DLC: Chaos wird durch den rachsüchtigen Malekith und der schurkischen LEGO-Figur Kurse verursacht. Und auch Jane Foster und Sif, die Schildmaid von Asgard, sind spielbar. Das Universum wird durch Odin und den drei Kriegern: Volstagg, Hogun und Fandral verteidigt.