Der Prinz und sein Vater, König Sharaman, greifen mit der persischen Armee ein indisches Königreich an. Der abtrünnige Wesir des Maharadschas hat den Persern reiche Schätze als Lohn für den Überfall versprochen. Als die Perser schließlich das Königreich erobern, durchsucht der Prinz den Palast, um einen brauchbaren Schatz zu finden, ein Souvenir für seine erste Schlacht. Dabei bemerkt er, dass er nicht fürs Kriegführen geeignet ist. Diese Mission soll ihm nur helfen, die Achtung seines Vaters zu gewinnen, selbst wenn er nicht gekämpft und getötet hat.

Schließlich findet er im Palast den legendären Dolch der Zeit. Schnell lernt er seine Eigenschaften kennen: Er kann damit die Zeit kontrollieren, sie entweder verlangsamen oder gar zurückdrehen. Was der Prinz jedoch nicht weiß: Der Dolch ist Teil des Stundenglases der Zeit. Beides, der Dolch und das Stundenglas, werden vom Wesir begehrt, doch König Sharaman verwehrt ihm diesen Wunsch. Er findet, dass der Dolch ein perfektes Souvenir für den Prinzen ist und das Stundenglas ein geeignetes Geschenk für einen befreundeten indischen Sultan darstellt.

Die Tochter des Maharadschas, Prinzessin Farah, wurde während der Belagerung gefangen genommen. Sie soll dem indischen Sultan als Haremsfrau geschenkt werden. Der Wesir, der nun dem Perserkönig dient, begleitet ebenfalls die persische Armee.

Nach der Ankunft beim Sultan schenkt König Sharaman seinem Gastgeber das Stundenglas der Zeit. Als der Prinz neugierig bemerkt, dass der Sand der Zeit innerhalb des Stundenglases glüht, wird er vom Wesir hereingelegt: Der Verräter bringt den Prinzen dazu, das Stundenglas mit dem Dolch zu öffnen. Prinzessin Farah versucht noch den Prinzen zu stoppen, doch vergeblich: Das Glas wird geöffnet und der Sand der Zeit ist frei. Er kontaminiert alles in der Umgebung mit Ausnahme von drei Personen: Der Prinz wird durch den Dolch geschützt, der Wesir durch seinen magischen Stab und Prinzessin Farah durch ihr Amulett. Alle übrigen Menschen werden durch den Sand ausgetrocknet und in untote Sandkreaturen verwandelt, die in bester Zombie-Manier alles töten, was noch lebt.

Im Spiel wird der Prinz gesteuert, der sich durch die Horden von Sandkreaturen kämpfen muss, um die Auswirkungen des Unglücks rückgängig zu machen. Ab und zu wird er von Farah begleitet, die ihm hilft. Zuerst will sie ihm nicht vertrauen, doch mit der Zeit verlieben sie und der Prinz sich ineinander. Auch im Kampf macht der Prinz Fortschritte: Seine Eigenschaften als Krieger werden immer besser.

Kurz vor Ende des Spiels zögert der Prinz, Farahs Anweisungen zu folgen und den Dolch oben in das Stundenglas hineinzustecken, um es wieder zu versiegeln. Dann, ehe er sich anders entscheiden kann, werden sie vom Wesir überrascht, der den Angriff der beiden Helden noch mal abwenden kann. Im Laufe des weiteren Spiels stirbt Farah bei dem Versuch, den Fehler des Prinzen selbst auszumerzen. Der Wesir verspricht dem Prinzen Reichtum und Macht, wird dafür jedoch beinahe umgebracht. Am Ende hat der Prinz gelernt, dass Töten nicht alle Probleme löst. In Erinnerung an Farah stößt er so den Dolch in das obere Ende des Stundenglases. Dadurch wird die gesamte Zeit zurückgedreht, bis kurz vor den Beginn der Belagerung.

So erwacht der Prinz in seinem Bett im Lager der Persischen Armee. Er kann sich an alles erinnern, was passiert ist. Er hat immer noch den Dolch und rennt zu Farahs Palast, um ihr den Dolch zurückzugeben. Dort erzählt er ihr seine Geschichte.

Allerdings überrascht der Wesir die beiden und der finale Kampf beginnt. Nachdem der Prinz siegreich war, überreicht er den Dolch Farah und bittet sie, gut auf ihn aufzupassen. Das eigentlich glückliche Ende bekommt für ihn eine bittere Note, weil Farah durch das Zurückdrehen der Zeit keine Erinnerung an das gemeinsame Abenteuer hat und daher auch keine Erinnerung an die gemeinsame Liebe.