1999 war ein wichtiges Jahr für Bungie: Zum einen wurde mit Halo das nächste Projekt angekündigt, zum anderen wurde Take 2 mit 19,9% Aktienanteil ein Partner der Firma.

Halo wurde als FPS mit einer damals unglaublichen Physik und KI offiziell auf der Macworld Expo im Jahre 1999 angekündigt. Doch am 19. Juni 2000 wurde Bungie von Microsoft aufgekauft und in die Microsoft Game Studios eingegliedert. Konsequenz daraus war, dass das Spiel verschoben wurde und zuerst für die Microsoft-Konsole Xbox herauskam. Dahinter steckte natürlich eiskaltes Kalkül des neuen Mutterhauses, denn dadurch konnte der von vielen Spielern heiß ersehnte Titel als System Seller eingesetzt werden. Erst zwei Jahre nach der Konsolenfassung kamen dann die Fassungen für den Mac und Windows heraus. Fans, die auf die PC-Fassung gewartet hatten, waren etwas enttäuscht, weil vieles, was versprochen worden und in der Demo-Version anzuspielen war, im endgültigen Spiel nicht umgesetzt war. Nichtsdestotrotz wurde Halo zu einem Megaerfolg, der ein ganzes Franchise produzierte.

Durch den Aufkauf verlor Bungie die Myth-Rechte an Take 2, die bald darauf selbst einen Nachfolger produzierten.