1994 konzentrierte sich Bungie auf die Marathon-Serie, die das FPS-Genre um einige neue Konzepte erweiterte. Das Spiel fand auf einem gigantischen Kolonieschiff statt. Die Geschichte wurde durch Computer-Terminals erzählt, was für eine sehr hohen Storydichte sorgte.

Marathon 2 war das erste Spiel, dass das Studio sowohl für Windows als auch für den Mac gleichzeitig entwickelte. Allerdings wurde die Windows-Version erst ein Jahr später als die Mac-Version, also 1996, herausgebracht. In den nachfolgenden Jahren profitierte immer noch der Mac von Bungie. Die Firma brachte Spiele zuerst oder nur auf dem Mac heraus. Marathon 2 führte damals viele noch heute aktive FPS-Konzepte ein, wie zum Beispiel den "King of the Hill"-Multiplayermodus.

Ebenfalls 1996 kam Abuse heraus, eine Portierung des PC Spiels für den Mac, die gegenüber dem Original viele Verbesserungen enthielt.

Trotz der Konzentration auf den Mac wurde Bungie immer erfolgreicher und berühmter. Nachdem Erfolg von Marathon wurde mit Myth eine weitere innovative Spieleserie entwickelt. Dieses Mal konzentrierte man sich auf das Genre der Echtzeitstrategiespiele. Daraus entstand eine große und bis heute aktive Online-Community.

1997 kam mit Myth: The Fallen Lords ein Echtzeit-Taktikspiel heraus, das es in Sachen Tiefe, Grafik und Anspruch sowie Multiplayerfähigkeit durchaus mit Echtzeitstrategiespielen aufnehmen konnte. Myth hatte übrigens den unfeinen Bug, bei der Deinstallation gleich die ganze Platte, auf der es war, zu löschen - einer der fiesesten Bugs in der ganzen Gamegeschichte. Dadurch war Bungie teilweise gezwungen, bereits fertiggestellte Verpackungen zurückzurufen, um die CDs auszutauschen. Der Nachfolger, dieses Mal garantiert bugfrei, erschien ein Jahr später.