Durch die Verluste im Hardwaregeschäft beschloss Sega, sich hauptsächlich auf das Softwaregeschäft zu konzentrieren und bringt Spiele für jede Spieleplattform heraus.

2003 war für Sega ein Jahr der Veränderungen. Der Gründer von CSK, Isao Okawa, war 2001 gestorben, so dass CSK im Jahr 2003 Sega versteigern wollte. Der erste Interessent war Japans führender Betreiber von Pachinko-Automaten, die Firma Sammy, die eine Fusion vorschlug. Doch die Pläne fielen durch. Andere Interessenten waren Namco, Bandai, Electronic Arts und Microsoft. Doch dann kam Sammy zurück. Die Firma kaufte die Anteile auf, die CSK noch an Sega hatte, und Hajime Satomi, eine Führungsperson bei Sammy, wurde der neue CEO von "Sega Sammy Holdings". Kurz nach der Übernahme ließ Sammy verlautbaren, dass sich Sega von nun an mehr auf das profitable Arcade-Segment konzentrieren würde als auf das verlustreiche Softwaregeschäft.

Am 25. Januar 2005 verkaufte Sega das Entwicklerstudio Visual Concepts, das vor allem für die Sega-Sports-Spiele wie ESPN NFL Football bekannt war. Der Käufer war Take Two Interactive. Mit zum Verkauf gehörten auch die zu Visual Concept gehörenden Kush Games. Take Two verkündete daraufhin den Start des Labels 2k Games, das als Folge dieses Aufkaufs gegründet wurde.

Für jeden Verkauf soll es auch einen Ankauf geben, und so erwarb Sega den Entwickler Creative Assembly, der sich für die Strategiespiele Medieval: Total War und Rome: Total War verantwortlich zeigte.