2000 wurde Messiah herausgebracht. Der Spieler lenkte den Engel Bob, einen Cherub, der einer Verschwörung des Teufels auf die Spur kommt. Als Cherub war Bob ziemlich verwundbar und musste daher immer wieder die Körper verschiedener Lebensformen übernehmen, um mit der Umgebung interagieren zu können. Dieses Spielprinzip wurde einige Jahre später von dem GameCube Spiel "Geist" wieder aufgenommen.

Ebenfalls im Jahre 2000 erschien mit Sacrifice eines der ersten 3D-Echtzeit-Strategiespiele. Man entschied sich für einen von mehreren Göttern und musste für ihn zehn Missionen lösen. Jeder dieser Götter hatte vollkommen unterschiedliche Einheiten und Zaubersprüche.

2002, als Shiny Enter the Matrix entwickelte, wurde die Firma von Infogrames für 47 Millionen Dollar aufgekauft. Erworben wurden mit diesem Deal sowohl die Entwicklungsteams als auch die Rechte für die Entwicklung von Spielen im Matrix-Franchise. Daraus ergab sich ein Wechsel in der Firmenstrategie. Man entwickelte nicht mehr ausschließlich eigenständige, verrückte Spiele sondern Gamesauf Lizensbasis. Das Ergebnis war Enter the Matrix und The Matrix: Path of Neo. Beide Spiele waren die erfolgreichsten in der ganzen Firmengeschichte, auch wenn ihnen ein wenig die verrückten Ideen fehlten, die Shiny bis dahin so ausgezeichnet hatten.

Besonders Enter the Matrix, welches 2003 erschien, wurde stark kritisiert und erhielt fast überall mittelmäßige bis schlechte Zensuren. Dennoch hielt das die Käufer nicht davon ab, es zu einem Megaseller zu machen.