Erstmalig übernimmt Nintendo etwas von Sony (bisher war es immer umgekehrt), nämlich das Schiebepad, das an den ähnlich aufgebauten Analogstick der PSP erinnert. Dieser ist jedoch viel präziser und leichter handhabbar als beim Last-Gen-Rivalen, und sitzt somit verdienterweise an der Stelle, wo vormals das Steuerkreuz beheimatet war – ganz wie es Nintendo und Microsoft schon bei den Controllern des Gamecube bzw. der Xbox eingeführt haben. Das Steuerkreuz ist nicht weg, sondern nur nach unten gewandert.

Den Touchscreen hat man natürlich beibehalten, auch wenn er in Zukunft wohl eine andere Rolle einnehmen wird, als beim DS. Dort gab es schließlich viele Spiele, die nur über den unteren Bildschirm gesteuert wurden bzw. werden konnten, und demnach dort auch die Hauptaction anzeigten, wie z.B. die beiden Zelda-Games, Advance Wars oder Wario Ware.
Wegen Größe, Auflösung und nicht zuletzt dem 3D-Effekt wird die Rolle des Hauptakteurs zukünftig aber wohl dem oberen Bildschirm vorbehalten sein. Auch könnte es für die Augen ermüdender sein, zwischen 3D oben und 2D unten ständig zu wechseln, als wenn man sich nur auf den 3D-Screen konzentriert. Bei einem Ego-Shooter könnte man den Touchscreen aber durchaus als zweiten Analogstick verwenden. Da dieser jedoch resistiv (also auf physischen Druck reagierend) und nicht wie bei modernen Handys und Touchpads kapazitiv (hier wird die Stromleitfähigkeit unserer Haut genutzt) arbeitet, könnte man tatsächlich wieder auf den Fingerknubbel des Ur-DS zurückgreifen.

Da Bewegungssteuerung nun mit Wii, Move, Kinect und aktuellen Smartphones nirgends mehr wegzudenken ist, hat Nintendo nun auch dem 3DS eine solche spendiert. Sowohl Neigung als auch Beschleunigung wird erkannt, im Zusammenspiel mit 3D ist das aber oft nicht sinnvoll, da sich der Betrachtungswinkel ändert, und somit der 3D-Effekt unterbrochen werden kann.

Interessanterweise hielten nach Ankündigung des Geräts 2010 viele das durch die Kamera des DSi ermöglichte Headtracking bei einem DSiWare-Spiel für den wahren 3D-Effekt des 3DS. Am Ende kommt das gleiche dabei raus: Das Gerät muss bewegt werden und der Betrachtungswinkel stimmt nicht mehr.
Auf diesem Gebiet wird von der Unterhaltungsindustrie sicher noch weiter geforscht, doch Cyberhelme wie aus SF-Filmen scheinen endgültig ausgedient zu haben. Das Headtracking vieler solcher Modelle war so verzögert, dass es den Leuten schlecht wurde – da lag es tatsächlich nicht am 3D-Effekt.

Doch gerade die Bewegungssteuerung zeigt, dass es Nintendo ernst meint, wenn es um Verbesserungen geht und nicht nur 3D als alleiniges Argument für den Handheld zu bieten hat.