Der sechste Teil war auch gleichzeitig der letzte Teil, der auf dem NES erschien. Es sollten noch zwei weitere Teile folgen, einer auf dem SNES und einer auf der PlaySation. Das Spiel erschien nie in Europa, was wohl daran lag, dass der Publisher außerhalb Japans Nintendo - Nord Amerika war und nicht Capcom.

Die Story: Mega Man musste gegen Roboter antreten und am Ende war Dr. Wily der große Schurke. Doch dieses Mal endete das Spiel nicht mit der standesgemäßen Niederlage und Flucht von Wily sondern mit seinem gerechten Ende. Der große Gegenspieler des blauen Bombers wurde verurteilt und hinter schwedische Gardinen gesperrt. 

Rush, Mega Mans getreuer Robothundgefährte, erfuhr wieder ein Upgrade. Er wurde zu einem Adapter, der sich gemeinsam mit Mega Man zu verschiedenen "Outfits" zusammenschließen konnte. Zum Beispiel wurden die beiden zu "Jet Mega Man". In dieser Form konnte Mega Man für kurze Zeit schweben, allerdings nicht schießen. Die Form "Power Mega Man" wiederum konnte große Blöcke zerschmettern, hatte jedoch keine große Reichweite.

Wie üblich waren die Robot Master wieder alle von Fans designet worden. Nur in diesem Fall gab es eine kleine Besonderheit:
Zwei dieser Roboter, Knight Man und Wind Man, wurden von US Amerikanern kreiert. Sie waren die Gewinner eines Wettbewerbs, den Nintendo Power ausgeschrieben hatte. Nintendo Power ist eine offizielles Magazin von Nintendo of America. Knight Man wurde von Daniel Vallie, einem Kanadier, erschaffen, während Wind Man von Michael Leader, USA, designet wurde.
Eine weitere kleine Besonderheit war Plant Man, der erste botanische Boss. Er war explizit nach dem Vorbild einer Blume entworfen  worden. Erst in der Mega Man X Reihe sollten weitere pflanzenbasierte Bosse auftauchten.

Neben Rush hatte auch Beat wieder seinen Auftritt. Man erhielt Beat, indem man seine Namensbuchstaben einsammelte. Die Buchstaben waren natürlich in den diversen Levels verstreut. Sie konnten jedoch nicht auf dem üblichen Weg erreicht werden, denn es gab in jedem Level zwei Möglichkeiten, dem jeweiligen Endboss gegenüberzutreten. Hatte man den schwierigeren Weg eingeschlagen, und den Boss besiegt, erhielt man neben der Waffe des Endgegners auch einen Buchstaben.

Seinen Erstauftritt hatte der sogenannte Energy Balancer, ein kleines, nettes Item, welches es dem Spieler erlaubte Waffenenergie aufzusammeln ohne selbst darauf achten zu müssen, welche Waffe diese Energie am Nötigsten hatte. Die Energie wurde einfach der Waffe mit der niedrigsten Energie zugeführt.

Mega Man 6 wurde in Nord Amerika wieder von Nintendo herausgebracht. Dies lag daran, das die Zeit des NES zu Ende ging und sich die Firmen mehr auf das neue, bessere SNES konzentrierten.