Das zweite Mega Man war Geschichte, und jetzt stand der dritte Teil ins Haus. Langsam zeigten sich auch die Schwächen der Reihe. Die meisten Änderungen waren eher kosmetischer Natur, richtig tiefgreifende Neuerungen gab es nicht. Doch dies tat dem Erfolg keinen Abbruch.

Die Story des Spiels hatte eigentlich die gleichen Eckpfosten wie zuvor auch. Wieder musste Mega Man gegen acht Robot Master antreten, und wieder steckte am Ende Dr. Wily dahinter. Neu war hingegen die Einführung von Proto Man, der in Japan Blues hieß. Dieser war, wie sein Name schon sagte, ein Prototyp, ein Vorgänger unseres Helden. Er bekämpfte Mega Man im Laufe des Spiels, angeblich, um ihn zu trainieren. Besiegte man ihn, half er Mega Man im Spiel weiter.

Auch beim Gameplay tat sich etwas: Rush wurde eingeführt. Nein, nicht dieser merkwürdige Rush aus dem Battle-Network-Universum. Zu dem kommen wir später. Nein, dieser Rush war ein Roboter-Hund, der als Sprunghilfe, U-Boot und Fluggerät diente. Ein Multitalent, dessen Fähigkeiten Mega Man oft weiterhalfen. Außerdem konnte unser Held zum ersten Mal rutschen, was ihm durch enge Lücken half und ihm ermöglichte, Schüssen auszuweichen. Zusätzlich hatte er insgesamt neun E-Tanks, wodurch der Schwierigkeitsgrad erheblich reduziert wurde, da er seine Lebensenergie jederzeit neu auffüllen konnte.

Teil 3 der Serie war mit acht normalen Stages, vier zusätzlichen und noch mal acht weiteren regulären Bossen der umfangreichste Auftritt des Franchises. Eine aufgebohrte Neuauflage des Spiels erschien 1994 für das Sega Mega Drive unter dem Titel Mega Man: The Wily Wars. Dieses Spiel sammelte die ersten drei Mega-Man-Spiele in 16-Bit-Grafik. Mehr über das Spiel erfahrt ihr später.