Mega Man 5 fügte der Spielereihe im Prinzip nichts Neues hinzu. Die Story war eigentlich die gleiche, nur dass dieses Mal Dr. Light gleich am Anfang des Spiels entführt wurde (von wem nur?), und Proto Man der Verdächtige #1 war. Aber wie es bei den Mega Man Spielen zum guten Ton der Reihe gehörte, entpuppte sich natürlich der böse, böse Dr. Wily als der Schuldige.

Die einzige Neuerung war Beat, ein Robotervogel, den man freispielen konnte. Dazu musste man alle Buchstaben des Titels zusammensammeln, um am Ende einen Vogel zu haben. Und was brachte das alles? Nun, Beat half dem blauen Bomber, seine Feinde zu besiegen. Dazu stürzte er sich auf die Gegner und fügte ihnen physikalischen Schaden zu.

In Sachen Musik gab es Parallelen zum dritten Teil, denn das verwendete Instrumentarium war größtenteils das gleiche wie in Mega Man 3.

Bei Freunden der Figur Proto Man ist dieser Teil besonders beliebt, da sich diese Figur in der Klassik-Reihe eher rar macht. Bis Proto Man wieder im Vordergrund stand, vergeht noch einige Zeit und einige Franchise-Inkarnationen.